生物洁净安柜可提供样品和工作人员的双重保护。过滤后的洁净气流从安柜顶部吹下，通过工作区域,在到工作人员的呼吸区域前被俘获。气流在放空前将被过滤，一般情况下过滤后的空气将被排回实验室或者通过排气管道排出室外。
可分为一级、二级和三级三大类以满足不同的生物研究和防疫要求。一级生物安柜可保护工作人员和环境而不保护样品。气流原理和实验室通风橱一样，不同之处在于排气口安装有HEPA过滤器。所有类型的生物安柜都在排气和进气口使用HEPA过滤器。一级生物安柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内样品，目前已较少使用。二级生物安柜是目前应用zui为广泛的柜型。按照NSF49的中的规定，二级生物安柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4个不同的型号：A1型，A2（原B3）型,B1和B2型。所有的二级生物安柜都可提供工作人员、环境和样品的保护。
生物洁净安柜使用后的处理：
1、从安柜内移出手臂之前，一定要进行表面消毒处理，然后垂直于工作区开口缓慢地移出。
2、系紧用过的生物废物袋。
3、在每次使用后，要清除生物安柜内表面的污染。用消毒剂擦拭工作台面和内壁，所用的消毒剂要能够杀死安柜里的任何微生物。在每天实验结束时，应擦拭生物安柜的四周以及玻璃的内外侧等部位来清除表面的污染。在对目标生物体有效时，可以采用漂白剂溶液或75%酒来消毒。在使用如漂白剂等腐蚀性消毒剂后，还必须用无菌水再次进行擦拭。
4、关闭前操作窗口并开启紫外灯。
5、对安柜内壁、后壁、工作台面和前窗内侧进行清洁和消毒处理。
6、由于剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖，因此在实验结束时，包括仪器设备在内的所有物品都应清除表面污染，并移出安柜。